چهار عامل مهم در هنگام خالصسازی پروتئینها با استفاده از انواع کروماتوگرافی مایع وجود دارد که در ادامه توضیح داده میشوند. 1. «قدرت تفکیک» (Resolution): به میزان جداشدن پیکها از هم در کروماتوگرام گفته میشود. هدف کروماتوگرافی جدا کردن مولکول هدف است و که با تفکیک پیکها از هم به آن میرسیم. عواملی مثل نوع رزین، ترکیبات بافر شستشو، بافر جداکننده، ...